Chiều ngày 25/7/2008, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Việt Nam Phạm Gia Khiêm đã cùng với Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Cô-mư-ra Ma-sa-hi-cô đồng chủ trì cuộc Họp Uỷ ban Hợp tác Việt Nam - Nhật Bản lần thứ hai tại Hà Nội.
Cuộc họp Uỷ ban Hợp tác Việt Nam - Nhật Bản lần thứ hai diễn ra trong bối cảnh hai nước đang tích cực tổ chức các hoạt động kỷ niệm lần thứ 35 ngày thiết lập quan hệ ngoại giao (21/9/1973 – 21/9/2008), quan hệ hai nước hướng tới đối tác chiến lược vì hoà bình và phồn vinh ở Châu Á. Với sự tham gia của đại diện nhiều Bộ ngành mỗi nước, tại cuộc họp, hai bên đã rà soát lại kết quả đạt được trong quan hệ hữu nghị hợp tác giữa hai nước thời gian qua và định hướng cho những hoạt động trong thời gian tới.
Hai bên khẳng định quyết tâm thiết lập một mối quan hệ đối tác kinh tế toàn diện vì lợi ích của nhân dân hai nước, vì sự phát triển và phồn vinh của châu Á. Theo đó, hai bên bày tỏ mong muốn sớm kết thúc đàm phán tiến tới ký kết Hiệp định Hợp tác Kinh tế Việt Nam - Nhật Bản (VJEPA) phù hợp với lợi ích của cả hai bên. Việc ký kết VJEPA sẽ là bước tiến để xây dựng đối tác chiến lược Việt Nam - Nhật Bản.
Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Ngoại giao Việt Nam Phạm Gia Khiêm cảm ơn Chính phủ và nhân dân Nhật Bản đã tăng viện trợ phát triển (ODA) cho Việt Nam trong năm nay và đề nghị Nhật Bản tăng cường hợp tác, tích cực tham gia triển khai các dự án phát triển hạ tầng cơ sở lớn của Việt Nam, bao gồm Dự án đường bộ cao tốc Bắc - Nam, Dự án đường sắt cao tốc Bắc – Nam và Khu công nghệ cao Hoà Lạc cũng như các dự án phát triển giao thông đô thị tại Hà Nội và Thành phố Hồ Chí Minh. Đây là những dự án có ý nghĩa cực kỳ quan trọng để Việt Nam tiếp tục phát triển một cách bền vững trong thời gian tới. Hai bên cũng đã trao đổi ý kiến về các vấn đề năng lượng, tài nguyên và biến đổi khí hậu, hợp tác văn hoá, giáo dục, du lịch và lao động, hợp tác Tiểu vùng Sông Mê Công (GMS) và Hành lang Đông-Tây. Việt Nam đánh giá cao chương trình mời 2.000 thanh niên Việt Nam sang thăm và học tập tại Nhật Bản. Phía Nhật Bản hoan nghênh chương trình đào tạo nhân tài cho Việt Nam và sẵn sàng hợp tác để thực hiện chương trình này.
Cũng trong chiều ngày 25/7/2008, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Bộ Ngoại giao Phạm Gia Khiêm đã hội đàm với Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Cô-mư-ra Ma-sa-hi-cô, tập trung trao đổi về các vấn đề quan hệ song phương và một số vấn đề quốc tế hai bên cùng quan tâm, cũng như hợp tác giao lưu giữa hai Bộ Ngoại giao. Nhân dịp này, Phó Thủ tướng, Bộ trưởng Giáo dục và Đào tạo Nguyễn Thiện Nhân và Bộ trưởng Ngoại giao Nhật Bản Cô-mư-ra Ma-sa-hi-cô đã ký Công hàm trao đổi tiếp nhận Dự án Học bổng phát triển nguồn nhân lực do Chính phủ Nhật Bản viện trợ không hoàn lại.
Kết quả Hội đàm giữa hai Bộ trưởng Ngoại giao và thành công tốt đẹp của cuộc Họp Uỷ ban Hợp tác Việt Nam - Nhật Bản lần thứ hai là một bước tăng cường hơn nữa sự hiểu biết tin cậy giữa hai bên, góp phần đưa hợp tác Việt - Nhật ngày càng đi vào chiều sâu, hiệu quả và bền vững.