Ngày 20/9/2004, Bộ Ngoại giao đã mời Đại biện lâm thời Đại sứ quán Hợp chủng quốc Hoa Kỳ lên trụ sở Bộ Ngoại giao để bày tỏ quan điểm chính thức của Việt Nam về việc Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ đưa Việt Nam vào danh sách các nước cần đặc biệt quan tâm về tôn giáo (CPC). Việt Nam khẳng định đây là một quyết định sai trái, dựa trên những thông tin sai lệch, không phản ánh đúng tình hình thực tế ở Việt Nam. Quyết định này không có lợi cho những nỗ lực chung mà Chính phủ và nhân dân Việt Nam và Hoa Kỳ đang tiến hành nhằm xây dựng mối quan hệ ổn định, lâu dài, vì lợi ích của nhân dân hai nước.
Bộ trưởng Ngoại giao Nguyễn Dy Niên đã gửi thư tới Ngoại trưởng Hoa Kỳ Co-lin Pau-oen để phản đối quyết định trên của Bộ Ngoại giao Hoa Kỳ.